Prendre les devants sur une maladie du canola : une équipe de recherche d’Agriculture et Agroalimentaire Canada obtient un portrait précis des populations du pathogène de la jambe noire au Canada

La jambe noire est une maladie fongique grave qui s’attaque aux plantes de canola et, cette culture représentant près du quart des recettes des productions végétales au Canada, elle représente une menace sérieuse pour les producteurs.

Fondé en 1917, le centre de recherche et de développement d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) à Saskatoon est aujourd’hui devenu une plaque tournante de la recherche sur le canola. Ce travail de pointe s’y poursuit de nos jours, en particulier dans le domaine de la génétique des maladies, dont la jambe noire, qui préoccupe les agriculteurs depuis qu’elle a été découverte dans le nord-est de la Saskatchewan en 1975.

Pour donner les moyens aux producteurs de mieux lutter contre la jambe noire et de protéger leurs cultures, il faut d’abord bien comprendre le pathogène à l’origine de la maladie. Récemment, une équipe de recherche d’AAC a franchi une étape importante pour rester au-devant de ce pathogène en traçant un portrait beaucoup plus juste des souches uniques qui sévissent au Canada.

Dirigée par la cheffe d’études en biologie (phytopathologie) d’AAC Fengqun Yu, Ph. D., une équipe de scientifiques de Saskatoon a récemment achevé le premier reséquençage à grande échelle du pathogène de la jambe noire dans le monde. Le reséquençage a permis à l’équipe d’obtenir un portrait précis des populations canadiennes de ce pathogène : Leptosphaeria maculans (L. maculans).

La compréhension de la variabilité génétique du pathogène et de la structure de sa population – des facteurs pouvant être mesurés à l’aide de marqueurs moléculaires – est incontournable. Forte de ces connaissances, l’équipe sera en mesure d’établir de nouvelles stratégies pour mieux protéger les cultures et renforcer la résistance des cultures canadiennes de canola à l’égard de la jambe noire.

La jambe noire au Canada – un portrait plus juste

Les souches canadiennes ayant déjà été caractérisées par un nombre relativement faible de marqueurs moléculaires, il était difficile, jusqu’à présent, de détecter la variation responsable de la capacité d’adaptation du pathogène. Mais grâce à la baisse rapide des coûts liés au séquençage de l’ADN, l’équipe de Mme Yu a pu sélectionner 162 souches provenant de l’Ouest canadien au cours de deux décennies distinctes. Cette entreprise lui a permis d’obtenir un portrait des populations canadiennes beaucoup plus clair que jamais auparavant.

Les résultats ont montré que les populations du pathogène de la jambe noire se composent de trois sous-groupes distincts et que les souches prélevées entre 2012 et 2014 étaient, d’un point de vue génétique, beaucoup plus diversifiées que celles recueillies environ cinq ans plus tôt. Les populations échantillonnées en Saskatchewan et en Alberta présentaient une composition génétique similaire, tandis que les souches manitobaines étaient très diversifiées, un constat qui complique la gestion de la maladie. La différence dans la structure des populations d’une province à l’autre pourrait s’expliquer par les précipitations, puisque l’humidité crée des conditions propices au développement des maladies fongiques comme la jambe noire.

Dans une population diversifiée, les pathogènes disposent de patrimoines génétiques variés, ce qui les rend plus aptes à évoluer, à s’adapter et, possiblement, à s’attaquer aux cultures. En raison de cette capacité d’adaptation, il est plus difficile de lutter contre la maladie; il devient alors incontournable de mieux comprendre la génétique des pathogènes pour aider les producteurs à protéger leurs cultures.

Soutenir les producteurs

« Le canola est une culture très importante au Canada, et la jambe noire est l’une des maladies qui posent la plus grande menace pour les producteurs. Cette étude est vraiment emballante, car nous avons maintenant l’information dont nous avons besoin pour véritablement comprendre la génétique et les variations uniques des souches pathogènes à l’origine de la jambe noire au Canada. Grâce à ces connaissances, nous pourrons mettre au point des cultivars modernes résistants à la maladie et découvrir de nouvelles solutions pour mieux aider les producteurs à protéger leurs cultures contre cette maladie grave. »

-  Fengqun Yu, Ph. D., cheffe d’études en biologie (phytopathologie), Agriculture et Agroalimentaire Canada

L’objectif ultime derrière la volonté de comprendre L. maculans est de protéger les cultures et d’aider les producteurs à gagner une longueur d’avance sur la maladie. Par exemple, les sélectionneurs de végétaux auront les renseignements nécessaires à leur disposition pour mettre au point de nouveaux cultivars de canola qui résistent mieux à la jambe noire. Cela dit, bien que la résistance des cultures soit un facteur important, il convient de rappeler aux producteurs de suivre une stratégie de lutte intégrée faisant appel à des pratiques agronomiques exemplaires, comme une rotation appropriée des cultures, afin de laisser aux chercheurs le temps de déjouer la maladie.

Planifier l’avenir

L’information tirée de cette étude suscite l’intérêt des équipes de recherche qui travaillent sur la jambe noire partout dans le monde, et les données du séquençage sont rendues disponibles pour qu’elles puissent être utilisées par l’ensemble de la communauté scientifique. Les ressources génétiques fournies par cette étude aideront les chercheurs à identifier les gènes prépondérants dans la résistance à la jambe noire et à mieux prévoir les nouvelles souches dominantes du pathogène. Toutes ces données génétiques nous donneront les moyens de poursuivre la mise au point de cultivars résistants aux souches émergentes de L. maculans, de sorte que les producteurs de canola continuent d’avoir accès à des cultivars résistants à la jambe noire, dès maintenant et dans l’avenir.

Faits saillants

• La jambe noire est une maladie fongique grave qui s’attaque aux plantes de canola et, cette culture représentant près du quart des recettes des productions végétales au Canada, elle représente une menace sérieuse pour les producteurs.
• Dirigée par la cheffe d’études en biologie (phytopathologie) d’AAC Fengqun Yu, Ph. D., une équipe de scientifiques de Saskatoon a récemment achevé le premier reséquençage à grande échelle du pathogène de la jambe noire dans le monde.
• Grâce au reséquençage, l’équipe a pu obtenir un portrait précis de la population du pathogène de la jambe noire au Canada, ce qui aidera les chercheurs à mettre au point de nouveaux cultivars de canola qui résistent mieux à cette maladie.

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Renseignements connexes

• Centre de recherche et de développement de Saskatoon
• Genetic diversity and population structure of Leptosphaeria maculans isolates in Western Canada (en anglais seulement – Diversité génétique et structure des populations d’isolats de Leptosphaeria maculans dans l’Ouest canadien)
• Canola Council of Canada Encyclopedia of Diseases - Blackleg (en anglais seulement – Encyclopédie des maladies du Conseil canadien du canola – Jambe noire)