Aller à la racine de la pourriture des racines et du flétrissement des framboisiers

La pourriture des racines et le flétrissement (PRF) sont des maladies transmises par le sol qui touchent les framboisiers. Principalement causée par une moisissure pathogène, appelée Phytophthora, la maladie est responsable de la réduction des rendements et de la mort prématurée des plants infectés. L’espérance de vie d’un plant infecté peut être de cinq à sept ans, soit la moitié de celle d’une plante saine!

Vous avez probablement entendu le dicton « les averses d’avril font les fleurs de mai ». Les averses d’avril peuvent aussi contribuer à faire sortir les spores pathogènes de PRF de leur dormance, ce qui leur permet de se déplacer dans le sol jusqu’à ce qu’elles puissent se fixer à l’extrémité de la racine d’une plante. L’agent pathogène bloque par la suite l’absorption par les plantes des nutriments et de l’eau, ce qui provoque des lésions brun-rouge foncé sur la racine et la couronne. Au fur et à mesure que la maladie progresse, des symptômes foliaires, tels que des brûlures, une chlorose et de la nécrose, ainsi que le flétrissement du plant apparaissent.

Un grand nombre des variétés de framboises parmi les plus couramment cultivées sont sensibles à la PRF, ce qui en fait un problème grave pour les producteurs du monde entier, dont ceux de la Colombie-Britannique (C.-B.), où près de 80 % des framboises cultivées au Canada sont produites. Les producteurs ne disposent pas actuellement d’outils suffisants pour lutter contre cette maladie, car l’agent pathogène responsable de la PRF peut demeurer dormant dans le sol pendant une période pouvant aller jusqu’à dix ans. Heureusement, M. Rishi Burlakoti, Ph. D., chercheur à Agriculture et Agroalimentaire Canada, et son équipe ont décidé d’étudier cette maladie infectieuse et de trouver des pratiques et des outils durables pour aider les producteurs. Le projet est mené en collaboration avec la Lower Mainland Horticultural Improvement Association et des chercheurs de l’université Simon Fraser et de l’université du Tennessee.

« Les producteurs ont besoin d’outils supplémentaires pour lutter contre la pourriture des racines et le flétrissement dans leurs champs. Nous avons maintenant une meilleure connaissance de la maladie, ce qui nous aidera à élaborer de nouvelles pratiques de gestion et à développer des variétés résistantes à la maladie. »

– Rishi Burlakoti, Ph. D., chercheur scientifique, Agriculture et Agroalimentaire Canada

Identification de l’agent pathogène responsable de la maladie

Le premier défi de M. Burlakoti a été d’identifier les agents pathogènes responsables de l’apparition de la PRF dans les principales zones de culture de la Colombie-Britannique. Pour ce faire, lui et son équipe ont mis au point une technique moléculaire appelée « séquençage ciblé multiplex ». Cette nouvelle technique leur a permis de comparer 128 agents pathogènes individuels, ou isolats, prélevés dans différents champs, variétés ou parties de tissus infectés, à des séquences de référence connues d’espèces de Phytophthora, de Pythium et de Phytopythium, en utilisant la base de données du National Center for Biotechnology Information du Maryland, aux États-Unis.

L’étude a révélé que 85 % des isolats d’agents pathogènes infectant les cultivars fréquemment cultivés, c’est-à-dire Chemainus, Rudi et Meeker, étaient Phytophthora rubi (P. Rubi). Elle a également permis de découvrir une deuxième espèce de Phytophthora, appelée Phytophthora gonapodyides, qui représentait la proportion résiduelle des isolats pathogènes découverts (15 %). Cette nouvelle espèce a infecté le cultivar le plus modérément sensible, soit Cascade Bounty.

La nouvelle technique moléculaire de M. Burlakoti peut servir à établir la cause de la maladie dans d’autres régions touchées dans le monde. Les connaissances qu’il a acquises sur la composition de l’agent pathogène dans les régions productrices de framboises contribueront également à l’élaboration de stratégies efficaces de lutte contre cette maladie.

Rechercher les PRF et établir la diversité de la virulence

La sélection de variétés de framboisiers résistants aux maladies est l’une des meilleures façons d’aider les producteurs. Pour ce faire, il est nécessaire de disposer d’outils de sélection fiables pour évaluer la résistance potentielle des plantes aux maladies. M. Burlakoti et son équipe ont évalué différentes méthodes pour déterminer celles qui produiraient les résultats les plus fiables et les plus efficaces, notamment l’inoculation d’agents pathogènes sur les racines de plants entiers, les tiges de plants entiers et les tiges détachées.

Deux cultivars de framboisiers ont été choisis et inoculés avec P. Rubi dans le cadre de l’étude : Chemainus, qui est sensible à la PRF, et Cascade Bounty, qui est modérément résistant à la PRF. On a ensuite surveillé les plants pour détecter les symptômes de la maladie. Grâce à cette étude, l’équipe a relevé cinq méthodes fiables que les programmes de sélection peuvent utiliser pour évaluer les variétés de framboisiers, le germoplasme et le matériel de sélection à l’égard de la PRF. Les essais peuvent également être utilisés pour mener des études sur la diversité des agents pathogènes.

Pour favoriser le développement de nouvelles variétés, M. Burlakoti a également étudié la diversité de la virulence de P. Rubi. La diversité de virulence fait référence à la capacité de l’agent pathogène à provoquer une maladie plus ou moins grave chez son hôte. Des isolats de P. rubi recueillis sur trois ans chez divers cultivars de framboisiers et champs de la vallée du Fraser, en Colombie-Britannique, ont été examinés pour déterminer s’ils provoquaient une intensité plus ou moins forte de la maladie chez le cultivar sensible Chemainus. La diversité de la virulence a été évaluée en surveillant le nombre de jours avant l’apparition des premiers symptômes, la progression du flétrissement, l’indice de pourriture des racines, la régénération des racines et d’autres indicateurs de la santé des racines. Bien que les isolats se soient révélés assez divers dans leur capacité à provoquer la maladie, plus de 75 % d’entre eux ont induit des symptômes de flétrissement et de pourriture racinaire graves, ce qui semble indiquer que les isolats de l’agent pathogène P. Rubi dans la région sont virulents ou très virulents.

Mesurer la sensibilité aux fongicides

Jusqu’à ce que de nouveaux cultivars de framboisiers résistants à la maladie soient disponibles, les fongicides constituent le meilleur moyen dont disposent les producteurs contre la PRF. Le fongicide métalaxyl-m, connu sous le nom commercial de Ridomil Gold, est largement utilisé par les producteurs canadiens pour faciliter la lutte contre la croissance de l’agent pathogène Phytophthora dans les champs. Cependant, on ne sait pas grand-chose de la sensibilité de la population de l’agent pathogène à ce fongicide.

L’examen de la résistance des isolats de P. Rubi au métalaxyl-m a révélé que la majorité des isolats étaient sensibles au fongicide, ce qui est une bonne nouvelle pour les producteurs. L’introduction d’autres pratiques de gestion contribuera à retarder la résistance aux fongicides, ce que M. Burlakoti prévoit d’étudier plus avant dans la prochaine phase de ses recherches.

Découvertes et avantages clés

• La pourriture des racines et le flétrissement (PRF) sont des maladies transmises par le sol qui touchent les framboisiers. Principalement causée par une moisissure pathogène appelée Phytophthora, la maladie peut réduire de moitié la durée de vie des plants infectés, qui passe de 10 à 12 ans à 5 à 7 ans.
• M. Rishi Burlakoti et son équipe ont identifié deux espèces de Phytophthora responsables de la PRF dans les principales zones de culture de la Colombie-Britannique : Phytophthora rubi et Phytophthora gonapodyides. P. rubi est l’agent prédominant. Une surveillance continue de la nouvelle espèce, P. gonapodyides, est nécessaire.
• Cinq méthodes de détection efficaces ont été établies, méthodes que les programmes de sélection peuvent utiliser pour évaluer les variétés de framboisiers, le germoplasme et le matériel de sélection à l’égard de la PRF. Les méthodes de détection sont également utiles pour mener des études sur la diversité des agents pathogènes.
• Une étude sur la diversité de la virulence des isolats pathogènes a montré que la majorité des isolats de P. Rubi dans la région de la vallée du Fraser en Colombie-Britannique étaient virulents ou très virulents.
• L’agent pathogène responsable de la maladie, P. Rubi, n’a pas encore développé de résistance au métalaxyl-m, un fongicide largement utilisé, ce qui est une bonne nouvelle pour les producteurs.

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• Profil d'AAC — Rishi Burlakoti, Ph. D.