Les premiers seize pour cent - EP 020

Greg : Ma famille avait des bons amis qui habitaient à côté et qui étaient propriétaires d'une petite ferme porcine. Malheureusement, la maladie a frappé leur exploitation, ça a donné un coup dur à l'entreprise. La famille a finalement arrêté la production, fait faillite et, finalement, ils sont sorti de l'agriculture. Je me rappelle m'être dit, mais comment c'est possible? Comment une population animale peut-elle être touchée à ce point par la maladie, au point où une exploitation agricole doive complètement arrêter ses activités? Je pense que cet événement a joué un rôle déterminant dans ma décision de devenir vétérinaire.

Kirk : Bienvenue aux Premiers seize pour cent. Je m'appelle Kirk Finken.

Sara : Je m'appelle Sara Boivin‑Chabot. Vous venez d'entendre le Dr Greg Dimmers, un vétérinaire dont la fascination pour la médecine populationnelle l'a poussé à quitter la ferme porcine familiale dans le sud de l'Ontario pour aller soigner des bovins de boucherie à Picture Butte en Alberta.

Kirk : Et pour se joindre à lui, ainsi qu'à nous, notre autre invité : M. Tim McAllister, chercheur.

Tim McAllister : Je m'appelle Tim McAllister. Je travaille à Agriculture et Agroalimentaire Canada, ici à Lethbridge en Alberta. Le sujet d'aujourd'hui me tient vraiment à cœur, c'est une science tellement fascinante : la résistance aux antimicrobiens et la façon dont l'utilisation d'antimicrobiens dans l'élevage de bovins de boucherie peut avoir une incidence sur la nature même des bactéries qui peuvent devenir résistantes aux antimicrobiens à cause de ces pratiques.

Sara : Tsé, Kirk, j'étais prête à présenter le sujet d'aujourd'hui mais je pense que M. McAllister vient de le faire pour nous.

Kirk : Oui, c'est un expert qu'on reçoit aujourd'hui, à plus d'un égard. M. McAllister travaille au Centre de recherches de Lethbridge depuis près de 30 ans dans le domaine de la microbiologie en lien avec la production bovine. Il est aussi animateur professionnel pour son propre balado, Cows on the Planet. C'est une source d'information scientifique sur les bovins et les impacts liées à leur élevage sur l'environnement.

Sara : Mais, aujourd'hui, c'est à ses recherches sur la résistance aux antimicrobiens qu'on va s'intéresser. La résistance aux antimicrobiens chez les bovins, tant dans le milieu agricole que dans les laboratoires, c'est une préoccupation majeure. Et c'est ça qui a fait en sorte que MM. McAllister et Dimmers se sont rencontrés.

Kirk : À tous nos auditeurs, préparez-vous à entendre le mot « antimicrobien » à de nombreuses reprises dans cet épisode. Antimicrobien, antimicrobien, antimicrobien. En fait, c'est comme un exercice de prononciation, surtout pour les anglophones!

Sara : Oui, en effet! En termes simples, un antimicrobien, c'est un produit ou un médicament conçu pour arrêter la croissance d'un microorganisme. Et un microorganisme, ça peut prendre différentes formes, de la bactérie au virus, en passant par les champignons comme les moisissures.

Kirk : Les antimicrobiens font partie de notre quotidien. Les antibiotiques par exemple, utilisés pour combattre une infection, sont des antimicrobiens. C'est la même chose pour les antifongiques que les gens utilisent par exemple pour éviter le pied d'athlète quand ils vont à la piscine ou au gymnase.

Sara : Et les antimicrobiens ne sont pas utilisés que chez les humains. Si vous avez un animal de compagnie, vous avez probablement un jour donné des antimicrobiens à votre chien, à votre chat, à votre lapin, à votre hamster ou peu importe.

Kirk : Et si vous êtes éleveur, c'est presque certain que vous en avez déjà donné à vos troupeaux.

Sara : Mais, malgré tous les avantages qu'ils offrent, l'utilisation des antimicrobiens peut parfois avoir un effet indésirable : la résistance aux antimicrobiens.

Kirk : La résistance aux antimicrobiens, c'est un problème important. Elle se produit quand un microorganisme développe une certaine immunité à un antimicrobien, qui compromet l'efficacité du médicament contre l'infection. Vous voyez, je faisais pas de blague pas quand je disais que vous alliez entendre souvent le mot « antimicrobien ».

Sara : Et je veux souligner un élément important, avec un gros crayon fluo jaune : ce ne sont pas les animaux qui deviennent résistants aux antimicrobiens, mais la maladie : la bactérie ou le champignon. Par contre, il y a des travaux de recherche fascinants sur le terrain pour déterminer les causes de la résistance aux antimicrobiens et trouver des solutions. C'est ce sur quoi nos deux invités travaillent en ce moment, et c'est le sujet de l'épisode d'aujourd'hui.

Kirk : Commençons avec le Dr Dimmers, qui nous mettra les choses en contexte. En tant que vétérinaire, il travaille vraiment sur le terrain, dans les champs avec les éleveurs et leurs animaux. Il est le premier à remarquer quand quelque chose ne va pas. On prend donc la direction de Picture Butte en Alberta pour connaître son point de vue sur la résistance aux antimicrobiens.

Greg : Je pratique depuis... environ six ou sept ans, une période courte finalement. Je pense que sur le plan de la santé des animaux, comme dans l'industrie des parcs d'engraissement, on compte beaucoup sur les antibiotiques pour lutter contre le complexe respiratoire bovin et d'autres maladies infectieuses. C'est un outil très important. Je me rappelle même qu'il y a six ou sept ans, on avait des résultats extrêmement prévisibles quand on utilisait certains antibiotiques. Dans les années qui ont suivies, donc un court laps de temps, j'ai constaté que les résultats très prévisibles qu'on avait avant n'étaient plus garantis. Et c'est une nouvelle réalité avec laquelle les producteurs et les vétérinaires doivent apprendre à composer.

Sara : Le fait que la résistance aux antimicrobiens soit devenue si courante en seulement six ou sept ans doit certainement être alarmant pour les producteurs.

Greg : Oui. Vous savez, chez les exploitants de parcs d'engraissement, le profit c'est vraiment la base de leur mode de fonctionnement. C'est un industrie très axée sur la marge bénéficiaire, comme dans la plupart des industries. Ils achètent du bétail, ils établissent leurs systèmes de façon à pouvoir dégager des marges, ils essayent de gérer les risques du mieux possible. Et les antibiotiques sont un des outils sur lesquels ils comptent. Avant, quand on choisissait d'utiliser un produit donné, les résultats étaient habituellement très prévisibles. Cette prévisibilité se traduisant alors par un avantage économique ou une réduction tangible des risques. Maintenant, il faut se préparer au scénario où ce qui était garanti 100 % du temps à une certaine époque, ça l'est maintenant juste à 80 % ou encore moins. Ça donne un niveau de risque supplémentaire, que les exploitants doivent intégrer à leur modèle.

Sara : Et l'agriculture est un travail déjà assez difficile sans ajouter de nouveaux risques.

Kirk : On fait donc face à un nouveau problème qui apparaît dans un court laps de temps et qui pourrait avoir d'énormes impacts sur les producteurs et l'industrie. Dr Dimmers, à quel moment vous êtes-vous rendu compte des impacts de la résistance aux antimicrobiens sur l'industrie en Alberta?

Greg : J'effectuais une consultation chez un de mes clients pendant laquelle je devais notamment faire des tests de résistance aux antimicrobiens sur des agents pathogènes respiratoires chez les bovins en parcs d'engraissement. J'ai alors prélevé toutes sortes d'échantillons et, chaque fois, j'obtenais le même résultat frustrant après l'analyse, le même profil de résistance. J'étais abasourdi, comment était-ce possible? Comment une telle résistance peut-elle être observée chez un si grand nombre de bovins, avec chaque fois le même profil? C'est à ce moment-là que j'ai décidé de me tourner vers d'autres intervenants du milieu : « S'il-vous plait, expliquez-moi quelqu'un ce qui se passe et pourquoi j'obtiens ces résultats-là? »

Kirk : Et qui de mieux qu'Agriculture et Agroalimentaire Canada pour répondre à ces questions. Si une chose est sûre au sujet des scientifiques, c'est qu'ils adorent les questions.

Sara : Donc, grâce à vos relations, vous avez fini par entrer en contact avec M. McAllister. Comment avez-vous alors pris la décision de faire équipe?

Greg : J'ai fini par entrer en contact avec Tim, dont l'équipe m'a aidé à faire du séquençage d'ADN et, je dirais, à interpréter un peu mieux mes résultats. Puis, Tim m'a dit : « On n'a pas de réponse à tes questions, mais je prépare une demande de subvention qui vise précisément à étudier ce qui t'intéresse. Veux-tu nous aider? An oui et en passant, je participe à un balado. Je crois que tu ferais un excellent invité. » On n'en est donc qu'aux premiers stades, mais je pense que c'est le début d'une collaboration.

Kirk : C'est donc l'histoire de la rencontre du travail sur le terrain et de la science.

Sara : Tout à fait. Le Dr Dimmers et M. McAllister ne s'en rendaient pas compte, mais ils travaillaient sur deux pistes parallèles. Les deux s'intéressaient à la résistance aux antimicrobiens, chacun sous un angle distinct.

Kirk : Un vétérinaire nous a fait part de son point de vue quant à cet enjeu. Passons maintenant au microbiologiste.

Tim : Je crois qu'on a mené notre première étude sur la résistance aux antimicrobiens en 1997. Un antimicrobien était fréquemment utilisé à l'époque dans la production de bovins de boucherie, il s'agissait alors de la tétracycline. On a découvert que la résistance aux antimicrobiens concernait justement cet antibiotique en particulier. Certains autres antibiotiques, les macrolides, qui constituent une autre famille d'antimicrobiens, étaient également utilisés dans ces années-là. Mais, on n'a constaté aucune résistance à ceux-ci, ou presque, en 1997.

Kirk : J'allais dire que c'est un soulagement, jusqu'à ce que je réalise que 1997, c'est il y a 25 ans. Un quart de siècle! Je me sens vieux.

Sara : Moi aussi. Beaucoup de choses peuvent changer pour nous, les humains, en 25 ans. Et malheureusement, c'est la même chose pour les bactéries. Soudainement, la résistance aux antimicrobiens ne concernait plus un seul antibiotique, la tétracycline. La résistance s'étendait maintenant à d'autres antibiotiques. Je crois qu'il est actuellement question de deux antibiotiques importants, M. McAllister?

Tim : En effet, il s'agit de la télithromycine, et le second, la tilmicosine. Ce dernier a été utilisé pour la première fois au début des années 2000. Et on a commencé à observer une résistance croissante. Cet antibiotique devenait donc moins efficace, et il a alors été remplacé par un nouvel antibiotique, la télithromycine, tous les deux appartiennent à la même famille de molécules. Cet antimicrobien était très efficace pour contrôler le complexe respiratoire bovin. Mais vers 2019 et 2020, on a commencé à observer une efficacité moindre de cet antibiotique pour lutter contre ces bactéries. Le constat est clair! En règle générale, si vous utilisez un antimicrobien à grande échelle, il est inévitable que la bactérie finisse tôt ou tard par y devenir résistante.

Kirk : C'est vraiment comme une course aux armements sans fin. Chaque fois qu'on trouve une nouvelle façon de vaincre les bactéries, elles élargissent leur bouclier.
Sara : Oui. Et ce qui rend la situation encore plus difficile, c'est son côté un peu paradoxal. L'utilisation d'antimicrobiens contre des microorganismes accroît la probabilité de résistance. Mais on pas juste arrêter de les utiliser.

Tim : Je pense qu'il est important que les acteurs du secteur en général comprennent que les antimicrobiens jouent un rôle dans le bien-être animal. On en veut pas d'une situation où un animal développe une maladie clinique et que... tous autres les animaux tombent malades, comme ça peut se produire chez les humains, n'est-ce pas? On ne veut pas se retrouver dans une situation où on en serait réduits à se dire : on sait que les antimicrobiens pourraient aider à contrôler cette infection-là et à soulager la douleur ou la souffrance de cet animal-là, mais comme on n'aime pas utiliser les antimicrobiens chez le bétail, on évite de le faire. Vous savez, c'est pas non plus une bonne pratique en matière de bien-être animal. Il faut donc reconnaître que les antimicrobiens jouent aussi un rôle dans le bien-être animal.

Sara : Il ne s'agit donc pas de retirer l'outil, mais peut-être de le modifier et de l'utiliser autrement.

Tim : Oui, absolument. Tout à fait. Donc, si on prend l'exemple des producteurs de bovins, ils doivent reconnaître, et c'est ce qu'ils font déjà, que les antimicrobiens sont un outil très important pour la gestion des maladies. Mais, ils doivent aussi être conscients qu'il faut utiliser ces antimicrobiens avec prudence, et pas compter sur ça pour remplacer des pratiques de gestion saines. Si on utilise ces produits de façon excessive, on va réduire leur efficacité, et ils ne seront plus efficaces pour combattre la maladie, la raison même pour laquelle ils ont été créés. C'est pourquoi on veut travailler avec Greg aussi, en ce qui concerne l'utilisation d'antimicrobiens.

Kirk : Exactement. Bien souvent, si les producteurs pensent que leur bétail risque de tomber malade, ils donnent des antimicrobiens de façon préventive à l'ensemble du troupeau afin de réduire les risques. C'est ce qu'on appelle l'utilisation prophylactique des antibiotiques : ils sont utilisés pour prévenir de futures infections, pas pour traiter une infection existante.

Tim : Cette approche est très différente de l'utilisation thérapeutique, dans le cadre de laquelle vous essayez de traiter une maladie infectieuse en donnant un antimicrobien à un animal cliniquement malade qui présente des signes ou des symptômes de la maladie, une fois que vous avez déterminé que l'animal en est bien cliniquement atteint.

Sara : En ce moment, les parcs d'engraissement sont dotés d'enclos réservés aux animaux malades qui présentent des signes de maladie, dans lesquels il est aussi possible de leur administrer différents antimicrobiens. Est-il possible que cette résistance passe d'une bactérie à une autre, à un qui aurait pas été en contact avec des antimicrobiens?

Tim On le sait pas pour le moment, et c'est un des aspects sur lequel porte mes travaux, soit la définition de l'écologie de la résistance aux antimicrobiens, et de la façon dont elle fonctionne. Quand on comprend pas le fonctionnement de quelque chose, c'est difficile d'élaborer une stratégie d'atténuation véritablement efficace. En plus, les techniques génomiques qu'on utilise comptent parmi les plus avancées qui soient de nos jours. Il y a 10 ans, c'était impossible de faire de tels travaux. On était incapables de le faire parce que les outils n'existaient pas. Le domaine de la biologie moléculaire se développe en ce moment à un rythme exponentiel.

Kirk : Bon. Ce projet s'inscrit donc dans une démarche vraiment en temps réel.

Sara : Avant de poursuivre, M. McAllister, je dois vous poser cette question-là, parce que je suis certaine que des consommateurs nous écoutent et se la pose. Est-ce que c'est possible que la résistance aux antimicrobiens se transmette à l'humain par la consommation de viande. Est-ce que ça pose un risque pour la santé humaine?

Tim : On a travaillé sans relâche afin d'établir un lien entre l'utilisation d'antimicrobiens, les répercussions sur les bovins de boucherie et les risques possibles chez l'humain. On a utilisé certaines des méthodes de détection les plus sensibles qui existent. Il s'agissait de prélever des échantillons sur des bovins dans leur environnement, mais aussi des échantillons humains dans les hôpitaux et les eaux usées. Vous avez entendu parler de la détection dans les eaux usées comme méthode de surveillance de la COVID‑19. Eh bien, environ deux ou trois ans avant, on utilisait la même méthode pour surveiller les types de bactéries qui se trouvent dans les eaux usées et leur résistance aux antimicrobiens. On a donc mené ces études et procédé à l'examen de ces différents environnements. On en est venus globalement à la conclusion qu'on ne pouvait trouver aucune preuve que l'utilisation d'antimicrobiens chez les bovins de boucherie pose un risque quelconque en ce qui concerne la résistance aux antimicrobiens et ses répercussions sur la santé humaine. Par contre, on a décelé un taux élevé de résistance aux antimicrobiens dans les deux environnements. En fait, les types de résistance aux antimicrobiens qu'on a observés dans les isolats humains provenant de ces sources humaines correspondaient aux types d'antimicrobiens qui sont utilisés chez les humains. Et le type de résistance aux antimicrobiens qu'on a constaté chez les bovins de boucherie quant à lui correspondait aux types d'antimicrobiens employés chez ces animaux, lesquels ne sont pas exactement les mêmes que chez les êtres humains.

Kirk : D'accord. Si je prends un antibiotique pour traiter une coupure infectée à la main, ce n'est pas le même antibiotique qu'un producteur donne à son bétail pour prévenir les maladies respiratoires bovines.

Tim : Par ailleurs, dans bien des cas, les consommateurs ne font pas de distinction entre la résistance aux antimicrobiens et les résidus d'antimicrobiens. Ils croient souvent que les antimicrobiens utilisés pour le bétail se retrouveront dans leur assiette. Ce n'est pas le cas. La résistance aux antimicrobiens et les résidus d'antimicrobiens, ce sont deux choses très différentes. Et il existe déjà des exigences réglementaires très strictes pour que les antimicrobiens n'entrent pas dans la chaîne alimentaire. Les producteurs en sont conscients. Sur les étiquettes de médicaments, vous verrez qu'il y a un délai d'attente à respecter avant qu'un animal destiné à l'alimentation soit transformé. Le producteur est obligé de suivre ces directives. S'il décide de ne pas les suivre, un dépistage des antimicrobiens est effectué à l'usine de transformation, et la carcasse est saisie. Le producteur n'obtiendra pas un sous pour cet animal. S'il le fait à répétition, l'usine de transformation va arrêter de prendre ses animaux. Alors ça, les mesures qui sont prises pour que les résidus d'antimicrobiens ne se retrouvent pas dans les aliments.

Sara : La résistance aux antimicrobiens chez les bovins ne pose donc pas de risque pour la santé humaine. Bonne affaire. Mais, le risque est réel pour notre secteur agricole et pour la santé de nos animaux.

Kirk : On a assisté à l'émergence du problème. Les observations sont là. On est au cœur des recherches. À quoi ressembleront les prochaines étapes?

Tim : Il faut en premier lieu définir réellement en quoi consiste l'écologie de la résistance aux antimicrobiens. C'est-à-dire : où sont les gènes de résistance aux antimicrobiens? Dans quelles bactéries ils se trouvent? Dans quelle mesure ces bactéries échangent des gènes de résistance aux antimicrobiens entre elles? Ça constitue vraiment un élément clé. Elles ont en fait ce qu'on appelle des éléments génétiques mobiles qui les aident à échanger des gènes de résistance aux antimicrobiens entre elles. On pense que c'est un élément clé de l'équation pour résoudre et comprendre la résistance aux antimicrobiens et élaborer des stratégies pour l'atténuer, qu'il s'agisse de gestion ou de solutions de rechange aux antimicrobiens ou d'autres approches. L'autre chose qu'il faut vraiment comprendre, c'est que la résistance aux antimicrobiens d'un point de vue humain est un problème mondial. Selon différentes publications, la résistance aux antimicrobiens a voyagé dans le monde entier à bord d'avions, un peu comme l'a fait la COVID‑19. C'est le même processus. Et on a trouvé les origines de cette résistance. La réglementation, la surveillance et l'utilisation des antimicrobiens sont très strictes au Canada, mais ce n'est pas le cas dans toutes les régions du monde. Dans certains cas, vous pouvez simplement aller acheter ces antimicrobiens dans votre pharmacie locale sans prescription. Il faut maîtriser la résistance aux antimicrobiens si on veut s'en en sortir. Du point de vue de la santé humaine, c'est un problème mondial, comme la COVID‑19.

Kirk : C'est donc ce que font nos scientifiques. Répondre à ces grandes questions. Étudier la situation dans sa globalité.

Sara : Cette idée de la façon dont la résistance aux antimicrobiens se propage est en fait une priorité pour Dr Dimmers en ce moment. Et pendant qu'Agriculture et Agroalimentaire Canada s'occupe de la partie du travail en laboratoire, il pense à des solutions possibles sur le terrain. On revient à lui, et on voit ce qu'il pense de l'avenir de l'industrie bovine.

Greg : Ce qui a vraiment piqué ma curiosité sur cette question au cours des 12 à 18 derniers mois, c'est de déterminer comment on peut en apprendre davantage sur la façon dont la résistance aux antimicrobiens se propage dans une exploitation. Et je ne parle pas seulement de la façon dont on utilise les antibiotiques. Je pense que notre façon de traiter, de gérer et d'acheter le bétail, et notre manière d'aménager les installations pour ce dernier, ont une incidence réelle sur le processus de propagation de la résistance aux antimicrobiens. On pense juste à un aspect : comment déterminer quels animaux doivent être traités aux antibiotiques? Je me dis parfois qu'il faut plutôt se poser la question inverse : comment savoir quels animaux n'ont vraiment pas besoin d'antibiotiques? N'est-ce pas? Notre stratégie est tout autre, comme on ne peut savoir quels animaux n'en ont pas besoin, on se contente de leur en donner à tous. Si on pouvait trouver des solutions vraiment innovantes pour déterminer quels animaux n'ont pas besoin d'antibiotiques, je crois qu'on changeraient de façon réelle et durable la dynamique de la propagation de ces bactéries au sein d'une population. Si on pouvait déterminer de façon sûre que 10 %, 20 %, 50 % ou même 80 % des bovins n'ont pas besoin d'antibiotiques, ce serait alors possible d'éviter de propager ces souches bactériennes aux populations saines de bovins, c'est-à-dire chez le bétail possiblement sans problème de résistance. Sans compter que cette stratégie-là permettrait de créer un environnement plus compétitif. On éviterait de cette manière-là de propager les agents pathogènes résistants en éliminant tous ceux qui ne le sont pas. C'est une sorte de nouveau concept, mais je pense que si on pousse un peu plus loin la réflexion, cette approche pourrait ouvrir la voie à de nouvelles avenues. Par exemple, lors de mes visites chez un client ou dans un parc d'engraissement, je pourrais formuler des recommandations, proposer aux gens d'adapter leurs pratiques et ainsi réduire la résistance aux antimicrobiens dans leur exploitation. C'est vraiment passionnant.

Kirk : Il ne s'agit donc peut-être pas seulement de faire évoluer l'utilisation des antimicrobiens, mais aussi de changer les pratiques dans les ranchs et les parcs d'engraissement.

Sara : Oui, et je suis vraiment contente qu'il est des équipes qui se penchent là-dessus et qui creusent la question parce que c'est vraiment un problème important.

Kirk : Effectivement, je veux juste retourner à une chose que M. McAllister nous a dit. De son côté, Dr. Dimmers, il nous a mentionné un moment donné qu'en 6-7 ans il était étonné de voir la vitesse du changement et l'évolution des maladie. Mais M. McAllister nous a rappelé que la vitesse est vraiment normale, c'est pas anormal de voir ça. C'est vraiment très très vite l'évolution de ces maladies.

Sara : Oui, et on l'a vu dans les deux dernières années avec la COVID qui sort des variants à tous les 6 mois. C'est quelque chose qui est beaucoup plus concret qu'il l'était avant la pandémie. Mais c'est des grosses questions, et je ne pense pas qu'on va faire le tour aujourd'hui, Il va falloir y revenir.

Kirk : Oui, et revenez nous écouter aussi, abonné à la série de balados Les premiers seize pour cent. Nous y abordons beaucoup d'autres sujets, notamment de nouvelles idées, des découvertes et des solutions dans le domaine de l'agriculture et de la transformation des aliments. C'est la meilleure façon de faire partie des seize pour cent d'innovateurs et d'être parmi les premiers à opter pour de meilleures pratiques. Nous travaillons tous à créer cet avenir prometteur, une étape à la fois.

Sara : Et jusqu'à ce que cet avenir prenne forme, tu sais quoi faire?

Kirk : Explorer!